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UNIX

Assemblage

Alignement de séquences

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Formation analyse de séquences, INRA Toulouse : TP assemblage

Objectif du TP

1. se familiariser avec les programmes (phrap, cap3) et processus d'assemblages sous l'environnement UNIX
2. se familiariser avec les problèmes d'assemblages
3. détecter des SNPs a partir de résultats d'assemblage

• Installation des données nécessaires pour le TP (prérequis cours UNIX)
• Exercice 1: Décomposition du processus d'assemblage (prérequis cours Assemblages: programmes phred, crossmatch, phrap)
• Exercice 2: Assemblage en utilisant un script automatisant l'exécution des différentes étapes
• Exercice 3: Analyse des résultats    _
• Exercice 4: Détection visuelle de SNP en utilisant le programme consed

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Created 02/2003 .
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