Exercice 3: Analyse des résultats

le résultat obtenu n'est pas correct

  1. quel pourrait etre le problème ?
    1. une aggregation abusive --> analyser les résultats (alignements) de l'assemblage par exemple avec consed
    2. une non aggrégation liée a un problème de nettoyage de vecteur
    3. une non aggrégation liée a un problème de parametrage du programme d'assemblage
  2. vérifiez votre hypothèse
    1. comme on ne sait pas si la banque contient nos deux vecteurs on peut se faire une banque qui ne contiendrait que nos vecteurs 
      	créez une arborescence ably3
	nedit mes_vecteurs&
	copier/coller des sequences des deux vecteurs au format fasta
	enregistrez
	cross_match traces.fasta mes_vecteurs -minmatch 12 -penalty -2 -minscore 20 -screen
	cp traces.fasta.qual traces.fasta.screen.qual
	more traces.fasta.screen
    2. on va voir essayer d'assembler des contigs pour voir s'il partagent des relations de séquences 
      cap3 traces.fasta.screen > traces.fasta.screen.capout
more  traces.fasta.screen.capout
    3. ou encore mieux utiliser le programme cross_match pour faire une comparaison 2 a 2 des sequences consensus 
      cross_match  traces.fasta.screen.contigs | more
  3. corrigez le problème de 3 façons différentes
    1. graçe a phred en trimmant les séquences de basse qualité pour faciliter l'assemblage 
      phred -pd ../phd_dir -trim_cutoff 0.05 -trim_phd -trim_alt null *
    2. graçe a phrap en changeant les parametres 
      phrap traces.fasta.screen -view -trim_score 20 -forcelevel 5
    3. graçe a cap3 dont les parametres par défaut donnent un résultat correct 
      cap3 traces.fasta.screen