Exercice 1: décomposition des différentes étapes de l'assemblage

1. on se place dans le répertoire racine du projet et l'on compte le nombre de fichier traces

   cd ~/ably1
   ls chromat_dir/* | wc -l
   

2. calcul de la qualité (phred)

   phred -id chromat_dir -pd phd_dir 
   ls -l phd_dir
   

3. on va se placer dans le répertoire de résultat

   cd edit_dir
   

4. convertir les séquences au format fasta (phd2fasta)

   phd2fasta -id ../phd_dir -os traces.fasta -oq traces.fasta.qual
   

5. supprimer le vecteur (cross_match)

   cross_match traces.fasta /usr/local/bioinfo/swat/vector.seq -minmatch 12 -penalty -2 -minscore 20 -screen
   cp traces.fasta.qual traces.fasta.screen.qual
   more traces.fasta.screen
   more traces.fasta.screen.qual
   

6. lancer l'assemblage (phrap, cap3)

   phrap traces.fasta.screen -new_ace -view
   

1. les vecteurs correspondants aux fichiers traces sont pME18S-FL3 (AB009864) et pBluescript II SK(+) (X52328)
2. les fichiers .SCF correspondent a un séquençage 5' et 3'
3. regardez les fichiers produits à chaque étape (ls, more)

   more ~/ably1/phd_dir/*
   cd ~/ably1/edit_dir
   more traces.fasta
   more traces.fasta.qual
   ls -l