Prérequis: Mise en place de l'environnement de travail

Récupération des chromatogrammes

cliquez sur le lien bioinfo_form.traces.tar.gz

enregistrez le fichier dans votre "home" directory (cela doit en principe être le répertoire par défaut si vous avez lancer votre navigateur à partir de votre home)

Création de l'arborescence UNIX

maintenant a partir de votre terminal UNIX, vous allez d'abord vérifier que le jeu d'essai se trouve bien dans votre home directory

ls ~/bioinfo_form.traces.tar.gz

en cas de problème vous aurez un message qui vous signalera que le fichier est introuvable

ls: /home/formation/rose/bioinfo_form.traces.tar.gz: Aucun fichier ou répertoire de ce type
ls: /home/formation/rose/bioinfo_form.traces.tar.gz: No such file or directory

si tout va bien vous devriez voir

/home/formation/rose/bioinfo_form.traces.tar.gz

la dernière étape consiste a créer l'arborescence UNIX nécessaire à l'exécution des programmes. Reportez vous au cours UNIX afin d'avoir plus de détail sur les différentes commandes utilisées ci dessous

création du répertoire projet ably1
```
mkdir ably1
```
copie du jeu d'essai dans le répertoire de projet
```
cp ~/bioinfo_form.traces.tar.gz ably1
```
on se déplace dans le répertoire de projet
```
cd ably1
```
création du répertoire contenant les données brutes (attention le nom est imposé)
```
mkdir chromat_dir
```
création du répertoire contenant les fichiers qualités produits par phred
```
mkdir phd_dir 
```
création du répertoire qui contiendra les fichiers résultats
```
mkdir edit_dir
```
on se déplace dans le répertoire que l'on va utiliser pour stocker les chromatogrames
```
cd chromat_dir
```
extraction des chromatogrames a partir du fichier comprimé
```
gzip -cd ../bioinfo_form.traces.tar.gz | tar xvf -
```
remonter au niveau du répertoire projet
```
cd ..
pwd
ls 
```